手术是治疗肿瘤的最有效和最普遍的方法之一，只要有可能切除的肿瘤，临床上都应当首选手术治疗。然而对于食管癌患者来说,手术客观存在一些并发症。其主要有以下几种：
一、脓胸：由于正常情况下食管内有细菌存在，食管癌手术属于污染手术，术后可并发脓胸。脓胸的治疗原则是行胸腔闭式引流及应用抗生素。
二、吻合口瘘：这是食管癌术后的严重并发症，发生率为5%左右。其发生原因与吻合方式、吻合口有无张力、吻合口有无继发感染、病人手术前的营养状况等因素有关。吻合口瘘一般在术后4～6天发生，也可更迟。
三、乳糜胸：胸导管为引流腹腔及部分胸腔淋巴液的解剖结构，伴行于食管附近，手术中有被损伤的可能。若肿瘤外侵明显，损伤它的可能性更大。胸导管损伤表现为胸腔内引流出乳糜样液体，引流量每日在500毫升以上。
四、吻合口狭窄：多在手术后2～3周发生，也有迟至2～3个月后开始出现，病人主要有不同程度的吞咽困难表现。吻合口狭窄与吻合方式、吻合口感染、吻合口漏及病人本身为瘢痕体质等因素有关。
五、肺部并发症：食管癌多数为年龄较高病人，常常有不同程度的肺部疾病，手术后因切口疼痛等原因，不愿咳痰，造成支气管分泌物潴留，易并发肺炎、肺不张。
六、其他：如胃扭转，膈疝，喉部神经损伤等。
